Los habitantes conocidos más tempranos del área de la bahía de San Francisco eran los indios de Ohlone. Los españoles eran primero sabidos han explorado la región. El sir inglés Francis Drake del explorador navegó a lo largo de la costa californiana en 1579, pero no entró en la bahía de San Francisco. En 1776, los colonos españoles establecieron una fortaleza en el área y dedicaron la misión asociada a St Francis de Assisi, San Francisco, de el cual la ciudad lo consigue es nombre.
Después de la independencia de España en 1821, el área se convirtió en parte de México. No era hasta 1836 que una ciudad fue creada en el borde de la bahía, fuera del área de la misión, y los colonos comenzaron a ser atraídos al área. En 1846, durante la guerra mexicana-americano, la ciudad fue demandada para los Estados Unidos. El 9 de septiembre de 1850, California se convirtió en el 31ro estado de la unión.
San Francisco creció rápidamente como resultado de las acometidas del oro de 1848-49, debido a la inundación de los inmigrantes que esperaban pulsarla rica. La población aumentó de apenas 1000 personas en 1848 a 25000 antes de fin de 1849. Era el término para el primer ferrocarril transcontinental, permitiendo siempre a más gente hacer el viaje del oeste en busca de sus fortunas. Durante la segunda parte del diecinueveavo siglo, muchos inmigrantes chinos, huyendo las guerras del opio en su país de orígen, llegaron en California e instalaron restaurantes, tiendas y lavaderos. El primer de los coches de cable famosos de la ciudad fue instalado en calle de la arcilla en 1873.
En 1906, la ciudad sufrió de un terremoto severo, creído para tener 7.8 medidos en la escala de Richter. El gas roto instala tubos los fuegos grandes encendidos y comenzados, causando casi tanta destrucción como la actividad sísmica y dejando los swathes de la ciudad en las llamas por tres días. Más el de 80% de la ciudad fueron dañados o destruido y hasta un tercero de él es el nómada de los residentes a la izquierda. La reconstrucción de la ciudad era, sin embargo, rápido debido a la fuente lista de trabajo del inmigrante.
San Francisco no estaba según lo afectado seriamente por el desplome 1929 de la bolsa y la gran depresión que sobrevenía en los años 30 tantas otras ciudades americanas. Ningunos de los bancos de la ciudad fallaron y era durante este período que dos de él es los proyectos más grandes de la ingeniería fueron emprendidos; construcción del puente de la bahía del San Francisco-Oakland y del puente de la puerta de oro.
Durante la Segunda Guerra Mundial, el masón de la fortaleza hizo un punto importante del embarco para las tropas limitadas para el Pacífico y el aumento que resultaba de trabajos dibujó a más gente a la ciudad, particularmente americanos africanos del sur. Muchas de estas nuevas llegadas decidían a permanecer en California después de la guerra.
En los años 60, el districto de Haight-Ashbury se convirtió en un imán para los intelectuales, los radicales y los hippies. Los años 70 consideraron la subida del movimiento de las derechas del gay y de la creación de una “aldea gay” en el districto de Castro de la ciudad.