A Região da Capital Nacional inclui Tóquio e seus vinte e três divisões (ou bairros) e sete cidades vizinhas, para a maior parte regida pelo Governo Metropolitano de Tóquio, cujos principais escritórios estão localizados em Shinjuku Ward. Além da administração do próprio Tóquio pelo Governo Metropolitano também é responsável por vinte e seis cidades e subúrbios a oeste da Área de Tama, e um número de pequenas ilhas que se estendem cerca de mil quilómetros no Oceano Pacífico. A prefeitura de Tóquio é legislado pela Assembleia Metropolitana, que é composto por 127 deputados eleitos. As eleições ocorrem a cada quatro anos, o próximo será em 2009. Todos os principais partidos políticos nacionais são representados no Tokyo Assembleia com excepção do Partido Social Democrata que perdeu seus assentos durante a última eleição. O Partido Liberal Democrático tem a maioria na Assembléia atual.

O autor e político Shintaro Ishihara foi o governador de Tóquio desde 1999. Ele é uma figura controversa, famoso por criticar os Estados Unidos, da China e do governo central, e por uma vez ter dito que o Japão "é o único não-caucasianos sociedade ter criado uma superpotência moderna. "Apenas dois meses antes de se formar na universidade Ishihara ganhou mais prestigiado prêmio literário do Japão para sua temporada de romance do sol. O livro foi transformado em um filme e tanto Ishihara Yujiro e seu irmão, que jogou um apoio papel, encontraram-se no centro de um culto da juventude-orientado. Sua distinta carreira política começou com sua eleição para a Câmara dos Vereadores em 1968, e suas obras literárias, continuaram a ser publicados desde essa altura. Dois de seus quatro filhos são também na política e têm assentos na Câmara dos Deputados.