De National Capital Region omvat Tokio en zijn drieëntwintig afdelingen (of stadsdelen) en zeven omliggende prefecturen, voor het grootste deel beheerst door het Tokyo Metropolitan regering, waarvan de belangrijkste kantoren zijn gevestigd in Shinjuku afdeling. In aanvulling op de administratie van Tokio zelf het Metropolitan regering is ook verantwoordelijk voor zesentwintig voorsteden steden in het westen in Tama Ruimte, en een aantal kleine eilanden, die ongeveer duizend kilometer in de rekken Stille Oceaan. De prefectuur van Tokio is echter geregeld door de Metropolitan Vergadering, die bestaat uit 127 gekozen leden. De verkiezingen vinden plaats elke vier jaar, de volgende zal zijn in 2009. Alle belangrijke nationale politieke partijen zijn vertegenwoordigd in de Tokyo Vergadering met uitzondering van de Sociaal-Democratische partij die haar zetels verloren tijdens de laatste verkiezingen. De Liberale Democratische Partij heeft de meerderheid in de huidige Assemblee.

De schrijver en politicus Shintaro Ishihara is de gouverneur van Tokyo sinds 1999. Hij is een controversiële figuur, beroemd voor kritiek op de Verenigde Staten, China en de centrale overheid, en voor een keer hebben gezegd dat Japan "is de enige niet-blanke samenleving hebben een moderne supermacht. "Net twee maanden voor zijn afstuderen aan de universiteit Ishihara won de meest prestigieuze literaire prijs in Japan voor zijn roman Seizoen van de zon Het boek werd gemaakt in een film en zowel Ishihara en zijn broer Yujiro, die speelde een ondersteunende rol, bevonden zich in het centrum van een jeugd-georiënteerde cultus. Zijn politieke carrière begon onderscheiden met zijn verkiezing tot het Huis van raadsleden in 1968, en zijn literaire werken nog steeds worden gepubliceerd sinds die tijd. Twee van zijn vier zonen zijn ook in de politiek en houd zetels in het Huis van Afgevaardigden.