Archeologische bewijzen gevonden in de omgeving van wat nu Tokio is gebleken dat het gebied werd bewoond door stammen in het Stenen Tijdperk. De huidige stad werd gesticht in de twaalfde eeuw en droeg de naam red "> Edo Dit betekent estuarium. In 1457 een kasteel werd voltooid in Edo, die doorgegeven aan Tokugawa Ieyasu, de stichter van het Tokugawa-lijn van shoguns in 1590. Na Tokugawa nam de titel van shogun in 1603, Edo werd de hoofdstad van de shogun, hoewel de keizerlijke hoofdstad bleef Kyoto . Tijdens deze periode van leven in de stad werd gedomineerd door het paleis van de shogun, de residenties van de feodale baronnen (of daimyo), kooplieden en Samoerai. Japan was vrijwel gesloten voor buitenlandse invloeden voor de komende twee tot honderd en vijftig jaar. De stad Edo bloeide in de zeventiende en achttiende eeuw, maar de machtsstrijd tussen de shogun en de keizer uiteindelijk verminderde de macht van de shogun en de rijkdom van de stad daalde op zijn beurt. De shogun gaf Edo kasteel naar keizerlijke troepen in 1868, en de keizer Meiji maakte Edo zijn hoofdstad, waardoor het een nieuwe naam, Tokio, of Oost-kapitaal. Met de Meiji-restauratie begon een periode van grote modernisering en ontwikkeling in Tokio. Het feodale systeem werd snel afgeschaft ten gunste van de departementale systeem. In 1874 werd De Tokyo Metropolitan Police Department is opgericht, en tien jaar later de eerste stappen in de oprichting van een trein-systeem voor het kapitaal zijn vervuld. In 1923 een enorme aardbeving, en de daaropvolgende brand verwoest bijna de helft van de stad en doodde meer dan 150.000 mensen.

In 1941 viel Japan de Amerikaanse marine basis op Pearl Harbour, die de Tweede Wereldoorlog gebracht Japans deur. Ondanks de belangrijke voordelen in het begin van de oorlog Japan uiteindelijk leed grote verliezen en het Amerikaanse bombardement van Tokio op 10 maart 1945 alleen gedood 80.000 tot 100.000 mensen. Tegen de tijd dat de Japanners zich over aan de geallieerde troepen in 1945, had de bevolking van Tokio is teruggebracht tot de helft van het niveau van 1940, ofwel van het aantal dodelijke slachtoffers van bomaanslagen of omdat mensen ontvluchten de hoofdstad. Vanaf september 1945 pas in april 1952, toen de San Francisco Vredesverdrag in werking trad, was Japan beheerst en bezet door de geallieerden, waarvan de Verenigde Staten was de belangrijkste speler. Immers de Amerikaanse aanwezigheid in Tokio maakte een belangrijke basis voor de commando-en logistiek tijdens de Koreaanse Oorlog. Volgens de voorwaarden van de naoorlogse Japanse grondwet Japan is alleen toegestaan om een kleine militaire kracht van zijn eigen, strikt voor de toepassing van de verdediging.

Na de oorlog werd de style = "color: red"> keizer was ontheven van zijn politieke krachten en werd gedwongen om in het openbaar toegeven dat hij niet een levende god, het geloof in het bezit van de aanhangers van het shintoïsme, de nationale religie, tot die tijd. De permanente Amerikaanse militaire aanwezigheid in Japan - die in Tokyo bevat Yokota Air Base en een klein aantal kleinere bases - is nog steeds aanzienlijk, en is een omstreden onderwerp voor vele Japanners, vooral omdat de Amerikaanse militairen zijn praktisch gevrijwaard van vervolging door de Japanse autoriteiten moeten alle misdaden die zij begaan tijdens hun diensttijd in Japan.

De eerste Shinkansen, of Bullet Train, dan is de snelste trein ter wereld, werd onthuld op de 1964, hetzelfde jaar Tokio gastheer van de Olympische Spelen. Tokio had eindelijk zijn voortgekomen uit het trauma van de Tweede Wereldoorlog en de Olympische Spelen hielp maken in Japan "economische mirakel" het centrum van de wereld de aandacht. Een hausse in de Japanse economie in 1986 begon en de grondprijzen in Tokio ging door het dak. In 1990 werd echter de bel begon te barsten en vele "Salaris Men" (Japans gebruik van het Engels idioom), of de belangrijkste kostwinner, leed de pijnlijke vernedering van hun baan verliezen en niet langer te kunnen ondersteuning van hun families tijdens de 1990's. De Wereld Expo City was te wijten aan worden gehouden in Tokyo in 1996, maar werd afgelast als gevolg van de acties van de sekte Aum Shinrikyo maart 1995. Ze brachten giftige sarin-gas in de metro van Tokio, doden twaalf mensen en die duizenden. In 1999 heeft de kleurrijke, dynamische en controversiële politicus Shintaro Ishihara werd verkozen tot gouverneur van Tokyo, een functie die hij nog steeds bekleedt.