Haven van New York werd ontdekt door de Italiaanse Giovanni da Verrazzano tijdens zijn verkenningen van de oostkust van Amerika in 1524. Hij nam ontmoetingen met de inheemse Indianen Lenape, maar het lijkt erop dat hij niet venture verder landinwaarts. Een Engelsman werken voor de Nederlandse Oost-Indische Compagnie, Henry Hudson (naar wie de New Yorkse Hudson River is vernoemd) ontdekte Manhattan in 1609 en zeilde het binnenland in naar de site van de hedendaagse hoofdstad van de staat, Albany. De Nederlandse regeling van de vastgestelde Nieuw Amsterdam in 1613, en begon de kolonisatie in 1624. Het eiland Manhattan werd officieel gekocht van de Lenape indianen door de gouverneur van New Holland in 1626, voor de som van 24 dollar.

De Britten namen de controle over de stad in 1664 en omgedoopt tot het New York, ter ere van de hertog van York. Aan het einde van de tweede Anglo-Nederlandse was in 1667, het Verdrag van Breda officieel toegekend aan de soevereiniteit van de kolonie aan de Britten. De stad werd verder gekoloniseerd door puriteinen Engels, op de vlucht vervolging in hun land van herkomst.

De stad was de locatie van een reeks van gevechten tijdens de Amerikaanse Onafhankelijkheidsoorlog en werd het bezet door de Britten tot het einde van de oorlog. New York was kort de hoofdstad van de nieuw gevormde Verenigde Staten van Amerika tussen 1788 en 1790. Na de opening van het Erie Canal in 1825, New York werd de verbinding tussen de Grote Meren en de agrarische Great Plains en haalde Boston en Philadelphia in economisch belang. Een periode van toename van de immigratie gevolgd, met de Europese immigranten haasten om een nieuw leven te beginnen in de Verenigde Staten, gevolgd door een toevloed van Afro-Amerikanen komen naar de stad van de zuidelijke staten in de jaren 1920.

In 1925, New York nam de titel van 'S werelds meest bevolkte stad' uit Londen. De jaren 1920 zag een enorme hausse in de ontwikkeling van de stad; veel van zijn wolkenkrabbers stammen uit deze periode. De beurskrach van 1929 en een algehele economische teruggang leidde tot de Grote Depressie van de jaren 1930. De werkloosheid in sommige gebieden gestegen tot 20% en in veel sectoren heeft tientallen jaren geduurd om volledig te herstellen.

New York een belangrijke rol gespeeld tijdens de Tweede Wereldoorlog als een financieel en industrieel centrum en is ontstaan na de oorlog als een van de economisch meest krachtige steden in de wereld. De groei van de naoorlogse buitenwijken, stedelijke migratie en een toenemende criminaliteit resulteerde in een afname van de bevolking tussen 1970 en 1990, maar de inspanningen van de charismatische burgemeester van de stad, Rudolph Giuliani, om de kwaliteit van het leven en te verbeteren reductie van de criminaliteit tarieven afbetaald en de mensen zijn teruggekeerd van de stad.

Op 11.09.2001, was de stad het slachtoffer van terreur aanslagen, toen het World Trade Centre, de stad het hoogste gebouw, werd vernietigd door de effecten van gekaapte passagiersvliegtuigen. bijna 3000 mensen verloren hun leven, waaronder vele hulpdiensten personeel zaten vast in de wrakstukken van de vallende gebouwen. Een gedenkteken dient te worden gebouwd op de site van het World Trade Centre en is gepland te openen op 11-9-2009.