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La Région Capitale Nationale renferme Tokyo et ses vingt-trois districts (ou arrondissements) et sept préfectures des environs, dont la majeure partie est gouvernée par le Gouvernement Métropolitain de Tokyo qui a ses bureaux dans le district de Shinjuku. Le Gouvernement Métropolitain régit, en plus de la ville de Tokyo, les vingt-six villes adjacentes à l'Ouest dans la région de Tama, ainsi que plusieurs petites îles qui s'étendent jusqu'à mille kilomètres de distance dans l'Océan Pacifique. L'Assemblée Métropolitaine constituée de 127 membres élus est en charge de légiférer dans la préfecture de Tokyo. Les élections ont lieu tous les quatre ans; les dernières datent de 2009. Tous les grands partis politiques sont représentés au sein de l'Assemblée de Tokyo avant cette date, hormis le parti Social Démocrate qui a perdu ses sièges au cours des élections de 2005. Le parti Libéral Démocrate est actuellement majoritaire à l'Assemblée.

L'auteur et homme politique Shintaro Ishihara est gouverneur de Tokyo depuis 1999. Il s'agit d'un personnage controversé, célèbre pour avoir ouvertement critiqué les Etats-Unis, la Chine et le gouvernement central, mais également pour avoir un jour dit que "le Japon (était) la seule société non caucasienne à s'être développée en une superpuissance moderne". Deux mois avant d'obtenir son diplôme universitaire, Ishihara remporta le prix littéraire le plus prestigieux au Japon pour son roman La Saison du Soleil. Le livre fut d'ailleurs adapté au cinéma et tant Ishigara que son frère Yujiro, qui y jouait un rôle secondaire, se retrouvèrent au centre d'une sorte de culte à destination de la population jeune. Sa carrière politique, tout à fait honorable, commença avec son élection à la Chambre des Conseillers en 1968. Ses travaux littéraires ont toujours été publiés depuis cette date. Deux de ses quatre fils sont également engagés en politique et siègent à la Chambre des Représentants.