Evidencias arqueológicas encontradas en la región de lo que ahora es Tokio ha puesto de manifiesto que la zona estaba habitada por tribus durante la Edad de Piedra. La actual ciudad fue fundada en el siglo XII y llevaba el nombre Edo , En el sentido de estuario. En 1457 se completó un castillo en Edo, que pasó a Tokugawa Ieyasu, fundador de la línea de shoguns Tokugawa en 1590. Después de Tokugawa asumió el título de shogun en 1603, Edo se convirtió en la capital de la shogunado, aunque sigue siendo la capital imperial Kioto . Durante este período la vida de la ciudad fue dominada por el palacio del shogun, las residencias de los barones feudales (o daimyos), comerciantes y samurais. Japón estaba prácticamente cerrado a la influencia extranjera para los próximos dos a cien y cincuenta años. La ciudad de Edo prosperado durante los siglos XVII y XVIII, pero la lucha por el poder entre el emperador y por último shogun disminuido el poder del shogunato y la ciudad dertunes disminuyó a su vez. El castillo de Edo shogun entregado a las fuerzas imperiales en 1868, y el Emperador Meiji, Edo hizo su capital, dándole un nuevo nombre, Tokio, o el este de capital. Con la Restauración Meiji comenzó un gran período de modernización y desarrollo en Tokio. El sistema feudal fue rápidamente abolido en favor de la prefectura sistema. En 1874 El Departamento de Policía Metropolitana de Tokio se estableció, y diez años más tarde los primeros pasos en la creación de un sistema de tren de la capital se terminaron. En 1923 un enorme terremoto y el incendio que destruyó casi la mitad de la ciudad y mató a más de 150.000 personas.

En 1941 Japón atacó la base naval americana en Pearl Harbour, que trajo la Segunda Guerra Mundial a Japón la puerta. A pesar de los importantes beneficios a principios de la guerra en última instancia, Japón sufrió grandes pérdidas y la American bombas incendiarias de Tokio el 10 de marzo 1945 mató 80,000 a 100,000 personas. Por el momento los japoneses se rindieron a las fuerzas aliadas en 1945, la población de Tokio se había reducido a half de sus niveles de 1940, ya sea por el número de muertos a causa de bombardeos o de personas que huyen de la capital. A partir de septiembre de 1945 hasta abril de 1952, cuando el Tratado de Paz de San Francisco entró en vigor, el Japón se rige y ocupados por los Aliados, de los cuales los Estados Unidos fue el principal jugador. De hecho, la presencia americana en Tokio, hizo una importante base para el mando y la logística durante la Guerra de Corea. Bajo los términos de la post-guerra japonés constitución Japón sólo se permite tener una pequeña fuerza militar de su propio, estrictamente para los fines de la defensa.

Después de la guerra, el emperador fue relevado de sus poderes políticos y se vio obligado a admitir públicamente que él no era un dios viviente, la creencia en poder de los seguidores del sintoísmo, la religión nacional, hasta ese momento. La continua presencia militar americana en Japón - Tokio, que incluye en la Base Aérea de Yokota y un pequeño número de bases de menor - sigue siendo importante y es una cuestión polémica para muchos japoneses, sobre todo porque el personal militar de América son prácticamente inmunes a la persecución por las autoridades japonesas deberían cometer cualquier delito WHil de servicio en Japón.

El primer Shinkansen o tren bala, el tren más rápido del mundo, se inauguró en 1964, el mismo año en Tokio organizó los Juegos Olímpicos. Tokio finalmente había surgido del trauma de la Segunda Guerra Mundial y los Juegos Olímpicos ayudaron a hacer de Japón "milagro económico" el centro de la atención del mundo. Un auge en la economía japonesa comenzó en 1986 y en Tokio los precios de la tierra pasó por el techo. Sin embargo, en 1990 la burbuja ha comenzado a reventar y muchos "hombres de sueldos" (en japonés utilizar el idioma Inglés), o el principal sostén de la familia, sufrió la dolorosa humillación de perder sus puestos de trabajo y ya no poder mantener a sus familias durante la década de 1990. El mundo era la Ciudad de la Expo que se celebrará en Tokio en 1996, pero fue cancelado como resultado de las acciones de la secta Aum Shinrikyo en marzo de 1995. Lanzaron gas venenoso sarín en el metro de Tokio, matando a doce personas y que afectan a miles de personas. En 1999, el colorido, dinámico y político controvertido Shintaro Ishihara fue elegido Gobernador de Tokio, un cargo que todavía ostenta.